تهدف الهيئة من خلال مشروع تعديل نظام ضريبة القيمة المضافة إلى الآتي:
1. التعديل على نسبة غرامة التأخر في تقديم الإقرار وغرامة التأخر في السداد المفروضة حالياً في النظام وذلك بتخفيضها
2. وضع حد أدنى وأعلى لغرامة عدم تقديم الإقرار في حال الإقرار الصفري أو الدائن مع تضمين حكم في حالة التكرار
3. وضع حد أعلى لاحتساب غرامة التأخر في السداد.
4. شمول غرامة التأخر في السداد للأشخاص الذين يقومون باسترداد الضريبة دون وجه حق من الأشخاص المؤهلين للاسترداد حسب ما تحدده اللائحة
5. إضافة أحكام جديدة تخول الهيئة حق الحجز على أموال الشخص الخاضع للضريبة في حال عدم سداد المستحقات الضريبية النهائية وذلك وفق شروط وضوابط معينة تلتزم بها الهيئة.