الهيئة هي الجهة المسؤولة عن تطبيق وإدارة الضريبة في المملكة وهي مسؤولة عن عمليات تسجيل وإلغاء تسجيل المكلفين في الضريبة، إضافة إلى إدارة عملية تقديم الإقرارات الضريبية ورد الضريبة إلى جانب إجراء عمليات التدقيق وزيارات التفتيش المتعلقة بالضريبة. كما تتمتع الهيئة بالسلطة الكاملة في فرض الغرامات على غير الممتثلين لنظام ضريبة القيمة المضافة ولائحته التنفيذية.
