تعد أنظمة المعلومات الخاصة بهيئة الزكاة والضريبة والجمارك ركيزة أساسية للعمليات اليومية ولتوفير خدمات الأعمال. ويتم منح جميع المعلومات التي تتم مشاركتها أو إنشاؤها أو استخدامها في أنظمة هيئة الزكاة والضريبة والجمارك أعلى مستوى من الحماية بما يتناسب مع قيمتها، ويشمل ذلك على:​

حماية سرية ونزاهة أصول المعلومات لدافعي الزكاة والضرائب والجمارك والموردين ومقدمي الخدمات.

ضمان تنفيذ ضوابط أمن المعلومات على مستوى عالٍ، وقابل للتكرار باستمرار في الوقت المناسب، وبتكلفة مناسبة لمصلحة جميع أصحاب المصلحة في الهيئة.

تقوم هيئة الزكاة والضريبة والجمارك بإجراء عمليات تدقيق وتحديثات أمنية منتظمة لتحديد نقاط الضعف المحتملة ومعالجتها.

التأكد وضمان استمرارية الأعمال، وتقليل آثار تعطيل وظائف العمل عن طريق منع، وتقليل تأثير الحوادث الأمنية.

ضمان الامتثال للوائح المحلية والتشريعية من وزارة المالية والهيئة الوطنية للأمن السيبراني (NCA) وللاطلاع على تفاصيل الضوابط يرجى زيارة الرابطا​​لضوابط والإرشادات للهيئة الوطنية للأمن السيبراني

دعم الاستراتيجية الوطنية للأمن السيبراني التي تسعى لفضاء سيبراني سعودي آمن وموثوق يمكّن النمو والازدهار، للاطلاع على تفاصيل الاستراتيجية يرجى زيارة الرابطالاستراتيجية الوطنية للأمن السيبراني

 الالتزام بضوابط أمن المعلومات بالتوافق مع المعيار الدولي (ISO/IEC 27001).​

كما نود التنويه على أهمية التزام المستخدمين عند استخدام خدمات الهيئة بالتالي:

• يجب حفظ كلمة المرور وعدم كتابتها أو الإفصاح عنها للغير بتاتًا سواء على الهاتف أو البريد الإلكتروني أو بإدخالها في مواقع غير معروفة وغير معتمدة.
• لا تختر كلمة مرور يسهل اكتشافها مثل اسمك، تاريخ ميلادك أو رقم هاتفك.
• ينصح بتغيير كلمة المرور باستمرار لضمان عدم إمكانية استخدامها أو تخمينها من قبل الغير.
• لا تدخل إلى موقع الهيئة عن طريق الروابط التي تصلك في رسائل البريد الإلكتروني أو المواقع الإلكترونية.
• قبل الدخول إلى موقع الهيئة الرجاء التأكد من وجود (HTTPS) وعلامة القفل.
• لا تبتعد عن جهاز الحاسب عند استخدام موقع الهيئة عبر الإنترنت، فقد يتمكن آخرون من الدخول إلى حسابك خلال تلك الفترة وسَجِّل الخروج عند الانتهاء.

• احرص على استخدام نسخة أصلية من نظام التشغيل على جهازك.
• قم بتثبيت التحديثات الخاصة بنظام التشغيل بانتظام خاصة التحديثات الأمنية.
• احتفظ دائمًا بنسخة محدثة لبرنامج مكافح الفيروسات لحماية جهازك ومعلوماتك.
• قم بتفعيل برنامج الجدار الناري (Firewall) الموجود مع نظام التشغيل.
• ننصح بعدم تثبيت برامج غير موثوقة المصدر أو برامج غير ضرورية.

استخدم جهازك الخاص عند الدخول إلى خدمات الهيئة عبر الإنترنت ولا تستخدم أجهزة مشتركة كالأجهزة المستخدمة في مقاهي الإنترنت.