هي هيئة خليجية إقليمية تعمل تحت مظلة الأمانة العامة لمجلس التعاون لدول الخليج العربية وقد تم إنشاؤها بقرار المجلس الأعلى في دورته (32) المنعقدة في مدينة الرياض ديسمبر 2011م.
وبناء على قرار مقام المجلس الأعلى في دورته (42) ديسمبر 2021م بتفعيل عمل هيئة الاتحاد الجمركي ومنحها الصلاحيات الكاملة لتأدية مهامها وفق أفضل الممارسات التي تدعم استكمال كافة متطلبات قيام الاتحاد الجمركي، وتم تشكيل المجلس التنفيذي للهيئة من مديري هيئات وإدارات الجمارك بدول المجلس ، وعضوية الأمين المساعد للشؤون الاقتصادية والتنموية بالأمانة العامة.