تولي الهيئة أهمية عالية بالمسؤولية الاجتماعية؛ حيث تعمل لتكون جهة فعالة في تحقيق اشتراك مستدام لدور المسؤولية المجتمعية على المستوى الداخلي للهيئة، والمستوى الخارجي ككُل، من خلال تخصيص إدارة مهمتها القيام بالعديد من المبادرات والبرامج الاجتماعية.
- هيئة الهلال الأحمر السعودي: التعاون من خلال تقديم خدمات تدريبية وتوعوية في المجال الإسعافي، والإنساني لمنسوبي هيئة الزكاة والضريبة والجمارك.
- المركز الوطني للمسؤولية الاجتماعية: شراكة لتقديم المركز الوطني للمسؤولية الاجتماعية عددًا من البرامج، والخدمات التدريبية والتوعوية في مجال المسؤولية الاجتماعية لمنسوبي هيئة الزكاة والضريبة والجمارك؛ بهدف تحقيق التنمية المستدامة.
- الاتحاد السعودي للرياضة للجميع: تعزيز التعاون المشترك بين الجهتين؛ لتنفيذ برامج وأنشطة تسهم في نشر ثقافة الرياضة، والمشاركة والتعاون في تنظيم وإقامة فعاليات، وأنشطة رياضية في مقار هيئة الزكاة والضريبة والجمارك.