تتطلع الهيئة إلى أن تكون من أفضل الإدارات الضريبية على مستوى العالم، وأن تحقق النجاحات المنشودة في "برنامج التحول الوطني" الذي يستهدف تحقيق التوازن المالي بين الإيرادات والمصروفات عام 2020، والذي يشتمل على أربع مبادرات للهيئة العامة للزكاة والدخل؛ وهي:
وقد قامت الهيئة بإطلاق مشروع الضريبة الانتقائية، والبدء بتحصيل إيراداتها، ودعم تطبيقها بإعداد النظام واللوائح التنفيذية، وتصميم إجراءات العمل، وتوفير وتطبيق النظام التقني والتوعية والتواصل، ومتابعة الشركاء للتأكد من التزامهم بالوفاء بواجباتهم النظامية.
كما قامت بتطوير إمكاناتها لإطلاق وإدارة ضريبة القيمة المضافة، ومساعدة المنشآت المؤهلة للمشاركة مع الحكومة في دعم إدارة الضريبة ووضع الاحتياجات الأساسية، وتسهيل وصول المنشآت للجاهزية للضريبة، والموافقة على نظام والائحة التنفيذية لنظام ضريبة القيمة المضافة، وذلك بعد نشر اللائحة التنفيذية لنظام ضريبة القيمة المضافة الرسمي لأخذ مرئيات العموم، وإكمال التشاور العام ومراجعة اللائحة التنفيذية مع وزارة المالية ومصلحة الجمارك، والمشاركة مع أهم الهيئات الحكومية مثل(مؤسسة النقد العربي السعودي، وزارة العمل والتنمية الاجتماعية، وزارة الإسكان، ووزارة المالية وغيرهم) لمواءمة مواقف السياسة المفتوحة، والحصول على بيانات المنشآت من الجهات الحكومية ذات العلاقة.
ومع اقتراب تاريخ تطبيق ضريبة القيمة المضافة في المملكة بتاريخ 1 يناير 2018م بنسبة 5%، تواصل الهيئة العامة للزكاة والدخل تطبيق خططها التي تستهدف مساعدة المنشآت في اعتماد ضريبة القيمة المضافة، وتطبيق الإجراءات المطلوبة بشكل سلس، من خلال تحقيق جاهزية عالية لذلك، منها: تدشين الهيئة للموقع الإلكتروني الرسمي لضريبة القيمة المضافة VAT.GOV.SA ، لتقديم مجموعة واسعة من الأدوات والمعلومات التي تعد مرجعاً داعماً للمنشآت لتحقيق جاهزيتها، إضافة إلى توفير مركز اتصال الموحد لضريبة القيمة المضافة (19993)، للإجابة على كافة الاستفسارات المتعلقة بتطبيق الضريبة
كما تقوم الهيئة حالياً بتطوير نظام جباية الزكاة الجديد تمهيداً لرفعه ثم إصداره وتطبيقه، لإعادة هيكلة وإجراءات معالجة المشاكل مع المكلفين الناشئة عن الفتاوى المتعددة أو التفسيرات الخاطئة لأنظمة وإجراءات حساب الأوعية الزكوية أو الضريبية.